Erst fünf Jahre später erfuhr der preußische Verkehrsminister aus der Zeitung, dass in Werder eine Pferdebahn betrieben werde. Er war schlichtweg nicht um Erlaubnis gefragt worden, segnete die Genehmigung aber noch, nachdem er versöhnlich gestimmt worden war, nachträglich ab.

Die Pferdebahn verkehrte laut zeitgenössischen Akten auf einer Spurweite von 1435 mm - die 1988 noch im ehemaligen Pferdebahndepot vorhandenen Gleisreste wiesen aber einer Spurweite von 1440 mm auf.

Der Fahrpreis betrug für Einheimische 10 Pfennig, Gäste mussten das Doppelte bezahlen.

Am 15. Juni 1901 wurde eine Pferdebuslinie vom Werderaner Bahnhof nach Glindow eröffnet, die aber aufgrund ausbleibender Fahrgäste schon zum Jahresende 1903 wieder eingestellt werden musste. 1912 wurde dann seitens der Stadt überlegt, eine Straßenbahn nach Glindow zu bauen, um mehr Fahrgäste anzulocken. Für die Pferdebahn wurde auch schon ein Jahr später, am 26. Juni 1913 die Betriebsgenehmigung erteilt und am 15. Juni 1914 konnte die Strecke von Schulhaus in Werder bis nach Glindow feierlich eingeweiht werden. Nun gab es zwei Linien: Blau, vom Bahnhof zum Markt und Gelb, vom Bahnhof nach Glindow.
Um 1920 muss auch die Glindower Pferdebahn mangels Zuspruch eingestellt werden. Ein weiteres Problem war, dass die eingesetzten Pferde die Steigungen auf dem Streckenabschnitt nicht immer verkrafteten.

Die Pferdebahnlinie zwischen dem Bahnhof und dem Markt hingegen war den steigenden Fahrgastzahlen nicht mehr gewachsen. Um eine leistungsfähigere Verbindung zu schaffen, hätte die Straßenbahn elektrifiziert werden müssen. Dies schien angesichts der geringen Größe der Stadt nicht angemessen, am 7. August 1926 wurde die Pferdebahn deshalb stillgelegt und der Betrieb von modernen Dieselomnibussen übernommen.

Die Wagen der Werderaner Pferdebahnen sollen 1928 nach Spiekeroog gelanget sein, wo sie wohl auf der Inselbahn eingesetzt wurden.